Mănăstirea Stravropoleos a fost întemeiată în anul 1724 de către arhimandritul Ioanichie, venit în Țara Românească de la Mănăstirea Gura, din eparhia Pogonianei, din Epir (Grecia). Ajuns în București, Ioanichie s-a stabilit la Mănăstirea Ghiorma Banul, din Mahalaua Grecilor, iar din veniturile pe care a reuușit să le adune, a ridicat mai întâi un han, pentru găzduirea străinilor și a negustorilor care veneau cu mărfuri în București. A zidit apoi biserica și a întemeiat mănăstirea, cu o mică comunitate de monahi greci. Totul era înfrumusețat și înzestrat cu odoarele necesare, la 1730, așa cum consemnează pisania așezată la proscomidie, spre pomenirea celor care l-au ajutat. Mănăstirea era închinată Sfinților Arhangheli și Sfântului Atanasie cel Mare. În timp, ctitorul a reușit să adune, prin danii și milostenii, o avere însemnată: vii, livezi, terenuri agricole, în județele din preajma Bucureștiului, case de închiriat, prăvălii și alte clădiri în centrul orașului.

Din veniturile pe care le aduceau toate acestea, Ioanichie și stareții care i-au urmat ajutau mănăstirea Arhanghelilor de la Gura, o școală de la Ostanița, orfani, săraci și văduve, pe care îi miluia și îi găzduia în odăile hanului.

Mănăstirea grecească, închinată Eparhiei Pogonianei din Epir, a dăinuit până la secularizarea averilor mănăstirești. După 1886, monahii greci au plecat, iar hanul, care se afla în ruină, a fost dărâmat. La Stavropoleos, unde doar biserica se mai păstra, era numit pe rând câte un administrator pentru a îngriji monumentul istoric și a săvârși unele slujbe. Strălucirea de odinioară a unui locaș de cult vestit prin frumusețea lui se pierduse în tulburările istoriei.

În anul 1904, prin grija Ministerului Cultelor și a Instrucțiunilor Publice și sub supravegherea Comisiei Monumentelor Istorice, la Stavropoleos începe un amplu proces de restaurare. Biserica a fost consolidată, turla care căzuse la un cutremur de la jumătatea secolului al XIX-lea a fost rezidită, în forma originară, pictura a fost curățată, icoanele, iconostasul și mobilierul au fost readuse la forma lor inițială, după metode de restaurare moderne. Arhitectul Ion Mincu a fost autorul proiectului, care a presupus și ridicarea unei incinte, cu clopotniță, pe locul vechiului han; este incinta pe trei laturi, cu arcade și coloane, pe care o putem vedea și astăzi.

În porticul care înconjoară curtea a fost amenajat un lapidariu cu pietrele de mormânt găsite în jurul bisericii, cu pisanii, coloane, capiteluri și diferite fragmente de sculptură.

Sunt mărturii în piatră care provin de la bisericile și mănăstirile din centrul vechi al Bucureștiului, aflate în ruină la sfârșitul secolului al XIX-lea și sacrificate la sistematizarea și modernizarea Capitalei de la începutul secolului al XX-lea.

La 6 decembrie 1940, la sfârșitul unui lung proces de restaurare și reamenajare a întregului așezământ, Biserica Stavropoleos a fost redeschisă cultului, ca biserica de mir, iar în sălile din incintă a fost amenajat un atelier de restaurare a obiectelor bisericești, ce funcționa sub îndrumarea Comisiei Monumentelor Istorice.

După căderea regimului comunist, Așezământul Stavropoleos a cunoscut un nou început. Trecuse aproape un secol de la restaurarea din 1904-1940, iar biserica ajunsese din nou într-o stare avansată de degradare, viața liturgică și comunitară erau aproape inexistente, iar incinta era un depozit. În 1991, la Stavropoleos a fost numit Părintele Iustin Marchiș, la acel moment stareț la Mănăstirea Cheia, după ce înainte fusese muzeograf la Mănăstirea Cozia. A început o lucrare de restaurare a bisericii, cu toate componentele ei: arhitectură și elemente decorative, pictură, sculptură, mobilier, dar și a clădirii din incintă, pe care o vedea ca fiind centrul viitoarei mănăstiri. Treptat, în jurul Părintelui Iustin s-au adunat câteva tinere, care doreau să urmeze calea monahismului. În anul 2003, incinta era deja amenajată, cu tot ce era necesar bunei desfășurări a vieții de mănăstire: cu chilii, trapeză, bibliotecă și o sală comunitară.

În 2008, cu binecuvântarea Patriarhului Daniel s-a reînființat Mănăstirea Stavropoleos, cu obște de monahii, stareță fiind numită Stavrofora Mihaela Luchian. La 4 iunie 2012, biserica a fost resfințită, după 15 ani de prefaceri, restaurări și înfrumusețări, și a primit un nou hram: Sfântul Iustin Martirul și Filosoful, ca o recunoaștere a tot ceea ce realizase Părintele Iustin, cu sprijinul autorităților bisericești și laice, a binefăcătorilor, viețuitorilor, slujitorilor și ostenitorilor.

Mănăstirea Stavropoleos este acum un reper pe harta culturală, turistică și spirituală a Capitalei: monumentul Stavropoleos (biserica, lapidariul, muzeul și spațiile ce pot fi vizitate) au primit în Ghidul Michelin cotația trei stele, iar portalul TripAdvisor de destinații turistice, i-a acordat certificatul de excelență.